По всей видимости в корне сайта был удален файл .htaccess
В нем есть занимательная строчка на подобие:
Apache:
DirectoryIndex index.php index.html
Она и отвечает за то, чтобы при наличии в папке этих файлов можно было бы не вводить в адресной строке их имя и было бы достаточно только папки.
Можно его создать вручную и все заработает.